Formado como arquitecto y urbanista, Francis Alÿs se muda a México en 1986 para trabajar con organizaciones no gubernamentales locales. En 1990 entra en el campo de las artes visuales, donde su práctica se expande a técnicas que van desde la pintura y el dibujo hasta el video y la fotografía.
Aunque su estudio se encuentra en Ciudad de México, durante los últimos 20 años Alÿs ha realizado numerosos proyectos en colaboración con comunidades locales alrededor del mundo, desde América del Sur hasta África del Norte y Oriente Medio. Por ejemplo, en Perú produjo un evento donde 500 voluntarios movieron una duna de arena algunos centímetros (Cuando la fe mueve montañas, Lima, 2002).
Desde 2016 ha participado en una serie de nuevos proyectos en Irak, tales como Hopscotch (2016), en coproducción con el campamento de refugiados Yazidi de Sharya, Duhok, Irak, o Color Matching (2016), filmada cuando acompañaba al ejército kurdo como artista de guerra mientras la ciudad de Mosul se encontraba sitiada. En 2020, Francis Alÿs estrenó su largometraje Sandlines –filmado en colaboración con niños de un pequeño poblado en las montañas de la provincia de Nínive– en Sundance, que también participará en otros festivales de cine como el International Film Festival Rotterdam y Ficunam de Ciudad de México.
Francis Alÿs ha participado con exhibiciones individuales en museos alrededor del mundo, tales como el Rockbund Art Museum (RAM), Shanghái, 2018; Ikon Gallery, Birmingham, 2018; Art Gallery of Ontario, Toronto, 2017; Museo Nacional de Bellas Artes de la Habana, Habana, 2016; Museo Tamayo Arte Contemporáneo, Ciudad de México, 2015; Documenta (13), Kassel, Alemania, y Kabul, Afganistán; Museum of Contemporary Art, Tokio, 2013; Museum of Modern Art (MoMA), Nueva York, 2011; Tate Modern, Londres, 2010; Bass Museum of Art, Miami, 2009; Dia Art Foundation, Nueva York, 2007; Hammer Museum, Los Ángeles, 2007; The Israel Museum, Jerusalén, 2005; Museu d'Art Contemporani, Barcelona, 2005; Museo Nacional de Arte Reina Sofía, Madrid, 2003; Museo de Arte Moderno, Ciudad de México, 1997, entre otros. Ha sido galardonado con el premio Blue Orange en 2004, el Vincent Award en 2008, el premio BACA-laureate en 2010, el premio EYE Art & Film del EYE Filmmuseum en 2018. En 2020 recibió el Art Icon Award, otorgado por la Whitechapel Gallery, y el Rolf Schock Prize, otorgado por la Real Academia Sueca de Artes. Francis Alÿs representará a Bélgica en la Bienal de Venecia de 2022.